Существует несколько вариантов классификации микроскопов исходя из особенностей оптической схемы, способов освещения, методов исследования, области применения и др. Наиболее информативной с потребительской точки зрения является группировка по их функциональным свойствам.
- Детские – это самый простой и доступный микроскоп для ребенка старше 7-8 лет. Обычно в данной категории представлены монокулярные модели, с хорошим увеличением (до 1200х) и набором всех необходимых аксессуаров.
- Портативные – класс малогабаритных карманных микроскопов, предназначенных для изучения в отраженном свете структуры трехмерных объектов. Прекрасно подходят для каждодневного использования.
- Цифровые отличаются от остальных возможностью подключения видеокамеры для фиксации, записи, анализа и обработки получаемой информации. Программное обеспечение, как правило, поставляемое вместе с микроскопом, позволяет проводить наблюдение прямо на специальном экране или мониторе компьютера, который можно подключить с помощью USB кабеля.
- Стереоскопические характеризуются не самым большим увеличением, но обладают расширенным диапазоном глубины резкости и гораздо бо́льшим, чем обычно, рабочим расстоянием объектива. Такие микроскопы необходимы при выполнении тонких, высокоточных операций в ручном режиме: сборка элитных моделей часов, нейрохирургия, микромоделирование.
- Биологические. Это, пожалуй, самая обширная категория, представляющая самый большой выбор микроскопов с самыми разнообразными параметрами. Предназначены для работы с объектами, которые относятся к области естественных наук: медицина, биология, химия, синтез новых материалов. Используются и в лабораторных исследованиях, и для обучения, и на производстве.