Існує кілька варіантів класифікації мікроскопів виходячи з особливостей оптичної схеми, способів освітлення, методів дослідження, сфери застосування та ін. Найбільш інформативною зі споживчої точки зору є угруповання за їх функціональними властивостями.
- Дитячі - це найпростіший і найдоступніший мікроскоп для дитини старше 7-8 років. Зазвичай у цій категорії представлені монокулярні моделі, із добрим збільшенням (до 1200х) і набором всіх необхідних аксесуарів.
- Портативні – клас малогабаритних кишенькових мікроскопів, призначених вивчення у відбитому світлі структури тривимірних об'єктів. Чудово підходять для щоденного використання.
- Цифрові відрізняються від інших можливістю підключення відеокамери для фіксації, запису, аналізу та обробки одержуваної інформації. Програмне забезпечення, що зазвичай поставляється разом з мікроскопом, дозволяє проводити спостереження прямо на спеціальному екрані або моніторі комп'ютера, який можна підключити за допомогою USB кабелю.
- Стереоскопічні характеризуються не найбільшим збільшенням, але мають розширений діапазон глибини різкості і набагато більшим, ніж зазвичай, робочою відстанню об'єктива. Такі мікроскопи необхідні під час виконання тонких, високоточних операцій на ручному режимі: складання елітних моделей годинника, нейрохірургія, микромоделирование.
- Біологічні. Це, мабуть, найбільша категорія, що представляє найбільший вибір мікроскопів з найрізноманітнішими параметрами. Призначені для роботи з об'єктами, що належать до галузі природничих наук: медицина, біологія, хімія, синтез нових матеріалів. Використовуються й у лабораторних дослідженнях, й у навчання, і з виробництва.
